En este post Use Categories and Tags With Your Custom Post Type viene estupendamente explicado cómo poder hacer que cualquier CPT reconozca categorías y etiquetas.
Lo he necesitado para que en jardin.cc los cursos creados por LearnDash tengan las categorías y etiquetas generales del sistema y así cuando hay un bloque dinámico que muestra los talleres o cursos con esa etiqueta aparezcan también. Por defecto tenía cursos-categories pero así no podía hacerlo funcionar y sólo podría duplicarlo lo cual haría todo bastante penoso.
Aquí el pedazo de código mágico, que va cómo no al functions.php:
add_action('init', 'add_category_tags_to_cpt');
function add_category_tags_to_cpt() {
register_taxonomy_for_object_type('category', 'your-cpt-name');
register_taxonomy_for_object_type('post_tag', 'your-cpt-name');
}